Ditetapkan pada tahun 2100 di mana dunia diikat oleh jaringan komputer. Anak-anak di dunia menjadi Penyelam Web, mengadaptasi kesadaran mereka menjadi data, dan suka bermain bersama di taman cyber yang disebut Magical Gate. Namun, virus komputer misterius muncul mulai menghancurkan Magical Gate dari dalam ke luar. Di dunia maya, program yang disebut Web Knights telah dibuat untuk melindungi anak-anak. Tapi, virus komputer telah mengubah semua Ksatria Web melawan anak-anak. Satu-satunya Ksatria Web yang lolos dari ‘cuci otak’ adalah Gladion. Gladion mencari bantuan Kaito Yuki, seorang Web Diver yang duduk di kelas empat.