Pertukaran yang hening di antara populasi siswa perempuan di pusat Akademi Shinyo di sekitar entitas supernatural yang penuh teka-teki. Entitas ini adalah Boogiepop, seorang Shinigami yang dikabarkan membunuh orang pada ketinggian kecantikan mereka sebelum daya pikat mereka berkurang. Sedikit yang tahu sifat aslinya: seorang wali yang, di antara periode dormansi, bermanifestasi sebagai alter ego seorang gadis sekolah menengah bernama Touka Miyashita untuk menangkis ‘musuh-musuh dunia.’ Sekarang, serangkaian penghilangan misterius