Makhluk misterius menghancurkan 70% bulan. Makhluk itu kemudian memperingatkan bahwa jika dia tidak dihancurkan pada bulan Maret tahun depan, Bumi akan menjadi yang berikutnya. Makhluk itu juga menuntut agar ia menjadi guru wali kelas E kelas 3 di SMP Kunugigaoka. Pemerintah tidak berdaya untuk mengatakan tidak. Makhluk itu kemudian menjadi wali kelas kelas 3 E yang terdiri dari siswa yang gagal termasuk Nagisa Shiota. Makhluk itu disebut Guru Koro.Sementara itu, pemerintah meminta siswa mencoba membunuh Guru Koro meskipun ia memiliki kekuatan super. Pemerintah menawarkan hadiah 10 miliar yen bagi siapa pun yang berhasil membunuhnya. Para siswa bingung dengan situasinya, tetapi memutuskan untuk membunuh Guru Koro.Ketika kelas mereka dimulai dengan Guru Koro, para siswa menemukan diri mereka bersenang-senang dengan guru baru mereka.