12.000 tahun setelah peristiwa dalam Genesis Aquarion, manusia hidup di bintang Vega di bawah ancaman konstan makhluk-makhluk trans-dimensi yang disebut Abductors. Musuh-musuh ini berasal dari saudara perempuan bintang Vegas Altair dan menyerbu Vega untuk kehidupan manusia. Sebagai tindakan balasan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai Neo-DEAVA dibentuk untuk memerangi para penculik. Mereka mengemudikan jas mecha canggih yang disebut Aquaria dan sangat dipisahkan oleh gender. Anak laki-laki dan perempuan tidak diperbolehkan kontak; mereka bahkan menahan diri dari pertempuran di medan perang yang sama. Namun, berbagai peristiwa berubah mengejutkan ketika setelan mecha Abductor canggih bergabung. Dua remaja, Mikono dan Amata, terseret ke dalam konflik. Tanpa sadar, Amata melakukan tabu ketika dia memanggil Aquaria dan menginisialisasi apa yang disebut Uni Terlarang antara Aquaria pria dan wanita. Neo-DEAVA terkejut, dan dampak dari tindakan Amatas lebih jauh dari yang disadarinya. Bagaimana dia bisa memanggil Aquaria? Di mana dia belajar membentuk Uni Terlarang? Dan mengapa Mikono juga bisa mengemudikan jas mecha?