Diatur dalam serangkaian acara yang berbeda, cerita ini tidak mengikuti sebelumnya Appleseed film canon (meskipun disutradarai oleh sutradara yang sama dari film sebelumnya); itu adalah sebuah alternatif cerita awal mereka. Briareos sudah cyborg dan tidak menjadi terpisah dari Deunan untuk kemudian bertemu kembali di Olympus untuk bergabung ESWAT.Appleseed Alpha menggambarkan hari-hari awal Deunan Knute dan Briareos di abad ke-22, saat mereka memulai perjalanan di seluruh dystopic reruntuhan dari New York untuk mencari kota Olympus. Mereka dipekerjakan oleh Dua Tanduk, panglima perang dari kota yang hancur, untuk menghilangkan bipedal mesin tempur. Selama pertarungan, mereka menemukan Iris dan Olson, baik pada misi. Deunan dan Briareos berteman dengan mereka dan memutuskan untuk bergabung dengan misi mereka.Iris bertugas mencegah jahat cyborg Talos dari menangkap senjata rahasia manusia yang membangun. Talos menggunakan Iris untuk mengaktifkan raksasa mesin perang.