Mahasiswa kembali sebagai sekolah kembali di sesi untuk semester kedua. Berikut eksploitasi mereka di pulau itu selama liburan musim panas, Kelas 3-E terus mengasah pisau dengan pemandangan mereka ditetapkan pada guru mereka, licin Koro-sensei. Mereka harus lebih khawatir dari guru mereka, namun, sebagai musuh pembunuh, baik lama dan baru, untuk meningkatkan bounty pada gurita’ kepala.Selain itu, saingan mereka di Kelas A, serta Kunugigaoka Junior High menakutkan kepala sekolah, berdiri untuk Kelas blok E dari mencapai keunggulan akademik. Dengan semua ini rintangan lawan mereka, kelompok harus terus bekerja bersama-sama dalam rangka untuk mengatasi musuh-musuh mereka dan mencapai tujuan mereka berhasil membunuh guru mereka.