Jepang, 1988. Sebuah ledakan yang disebabkan oleh seorang anak laki-laki dengan kekuatan psikis merobek kota Tokyo dan menyulut sumbu yang menyebabkan Perang Dunia III. Untuk mencegah kehancuran lebih lanjut, dia ditangkap dan ditahan, tidak pernah terdengar lagi. Sekarang, di tahun 2019, versi kota yang dipulihkan yang dikenal sebagai Neo-Tokyo — area yang penuh dengan kekerasan geng dan terorisme terhadap pemerintah saat ini — berdiri di tempatnya. Di sini, Shoutarou Kaneda memimpin ‘the Capsules,’ sekelompok orang aneh yang dikenal karena mengendarai sepeda motor custom berukuran besar dan selalu berkonflik dengan rival mereka ‘the Clowns.’ Selama salah satu pertempuran ini, sahabat Shoutarou, Tetsuo Shima, terjebak dalam kecelakaan dengan seorang esper yang menemukan dirinya di jalanan Tokyo setelah melarikan diri dari kurungan dari institusi pemerintah. Melalui pertemuan ini, Tetsuo mulai mengembangkan kemampuan misteriusnya sendiri, karena pemerintah berusaha untuk mengarantina paranormal terbaru ini dalam upaya putus asa untuk mencegahnya melepaskan kekuatan destruktif yang sekali lagi dapat membuat kota bertekuk lutut.